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Wilhelm Heinrich Schüßler distanzierte sich mit seiner Behandlungsmethode strikt von der Homöopathie. Es gab zu seinen Lebzeiten viele Auseinandersetzungen mit Homöopathen, die seine Behandlungsmethode schon allein wegen ihrer Einfachheit nicht akzeptierten und verächtlich von Düngemitteln sprachen. In seiner abgekürzten Therapie schreibt Schüßler selbst: „Die Grundlage meiner Forschung waren Histologie, die darauf bezügliche Chemie, die anorganischen Bestandteile der Gewebe und die physiologischen Wirkungen oder Funktionen dieser Bestandteile.“ Bei seinen Untersuchungen fand er nach eigenen Angaben zwölf verschiedene Verbindungen, die im menschlichen Körper vorkämen, die sogenannten Schüßler-Salze. Nach Schüßlers Ansicht verursacht ein pathogener Reiz die Verstärkung der Funktion einer Zelle, da die Zelle bemüht ist, den Reiz abzustoßen. Aufgrund dieser Tätigkeit verliere sie einen Teil ihrer mineralischen Funktionsmittel. Diese Zellen seien dann pathogen verändert, was das Wesen einer Krankheit sei.
Durch die Zufuhr dieser nun fehlenden Mineralstoffe will Schüßler die Krankheiten bekämpfen. Dazu sei die Potenzierung der Salze notwendig, um Mängel innerhalb einer Zelle aufzufüllen. Nach seiner Ansicht gelangen die hoch verdünnten „feinstofflichen“ Mineralstoffe, also die einzelnen Moleküle, direkt in das Zellinnere. Die Mängel außerhalb der Zellen seien durch eine nährstoff- und basenreiche Ernährung aufzufüllen, da ein gewisses Gleichgewicht zwischen Zellinnerem und Extrazellularraum notwendig sei.
