Mit sekundären Inhaltsstoffen sind Stoffe gemeint, die vor allem von Pflanzen hergestellt werden, um sich vor Umwelteinflüssen zu schützen. Solche werden zB bei der Gentechnologie oft zerstört/vernachlässigt. Ebenso kommt ein Mensch der sich nur von Pulver und Pillen ernährt nicht in den Genuss dieser Stoffe, deren Bedeutung man sich noch nicht wirklich klar ist, aber mittlerweile schon davon ausgeht das sie sich positiv auf das Immunsystem (Krebsvorsorge) auswirken.

Ob diese höhere Konzentration bei den sekundären Inhaltsstoffen allerdings tatsächlich einen gesundheitlichen Vorteil für die Konsumenten bringt, das ist bisher nur für wenige Stoffe wissenschaftlich belegt. Für das Lycopin der Tomate beispielsweise, das offenbar vor Krebs schützt. Doch es scheint sich insgesamt ein positiver Trend in Sachen sekundäre Inhaltsstoffe abzuzeichnen: Einige Wissenschaftler sprechen sogar davon, dass sie in Zukunft wichtiger werden könnten als Vitamine, deren Grundbedarf bei normaler Ernährung einfach abgedeckt wird.