ja, diese methode mit den tiefen kniebeugen ist die effektivste bzgl. muskelaufbau. die quads werden dabei richtig schön gedehnt und über den ganzen bewegungsradius beansprucht. ausserdem werden die a.rschmuskeln sehr mit beansprucht (vorteil und nachteil).
wenn du nicht so nen großen haben willst dann mach sie nur bis zu den knien aber dann hast du bei weitem nicht DIE ergebnisse wie wenn du sie ganz ausführst. mir hat mal ein großes tier (trainiert 25 jahre, 173cm, 115kg ) aus unserem studio gesagt das wenn man die kniebeugen nicht ganz bis runter macht, man den muskel dadurch verkürzt. klingt logisch.

was deine gelenkfrage betrifft: keine ahnung was nun besser für die gelenke ist, wird aber keinen großen unterschied machen denke ich.