deine systemdateien sind zerschossen

oder

dein system ist so dermassen zugemüllt, auch die registry und noch dazu eventuell der desktop voll das er einfach mit dem laden und aktualisieren nicht mehr nachkommt.

das würde auch erklären warum du die explorer exe verschwinden siehst und die dann wieder auftaucht.
wäre eventuell auch mal ein indiz für zu wenig arbeitsspeicher weil das system so zugemüllt ist und er mit dem laden net nachkommt

wieviel hast du in deinem system?